PhD kutatási témák (Prof. Dr. Győrffy Balázs)
Multi-omikai vizsgálatok az onkológiában
Egy biológiai mintához többféle omikai adat kapcsolódhat, például genomikai, transzkriptomikai, proteomikai vagy metabolomikai információ. A tudományos gyakorlatban ezeket a szinteket többnyire külön vizsgálják, például egy adott betegség esetén csak egy fehérjealapú biomarkerre fókuszálnak. A kórfolyamatok azonban sokkal pontosabban feltárhatók, és hatékonyabb terápiák fejleszthetők, ha ezeket az adatokat integráltan, egyszerre elemezzük. Az omikai rétegek kölcsönhatásban állnak, egymást befolyásolják, és gyakran visszacsatolási mechanizmusokon keresztül működnek. Kutatásunk célja, hogy onkológiai mintákban multi-omikai megközelítéssel tárjuk fel ezeket az összefüggéseket.
A téma különösen ideális azoknak a hallgatóknak, akik érdeklődnek az alapkutatás vagy a bioinformatika iránt. Témavezető: Prof. Dr. Győrffy Balázs
Mono- és multigénes onkológiai biomarkerek
A rosszindulatú daganatok hatékonyabb kezeléséhez három fő biomarkertípus nyújt támogatást. A diagnosztikai biomarkerek lehetővé teszik a betegség korai felismerését különböző mintákból, például vérből, vizeletből vagy székletből. A prognosztikus biomarkerek a betegség várható lefolyását és a túlélési esélyeket jelzik előre, míg a prediktív biomarkerek megmutatják, hogy egy adott beteg milyen terápiára reagálhat a legkedvezőbben. Kutatásunk célja olyan egy- vagy többgénes biomarker-jelöltek azonosítása és klinikai mintákon történő tesztelése, amelyek a jövőben segíthetik a személyre szabott daganatkezelést.
A téma elsősorban a klinikai kutatás iránt érdeklődő, másodsorban bioinformatikai fókuszú hallgatók számára ajánlott. Témavezető: Prof. Dr. Győrffy Balázs
NGS kiértékelés betegdiagnosztikához
A következő generációs szekvenálás (NGS) lehetővé teszi az összes gén egyidejű, nukleinsav-szintű vizsgálatát, azonban a technológia önmagában nem jelenti azt, hogy egy mérés után azonnal diagnózis állítható fel. Jelenleg nem léteznek olyan egységes, széles körben elfogadott protokollok, amelyek rutinszerűvé tennék az NGS-alapú adatelemzést. Kutatásunk célja olyan diagnosztikai alkalmazások fejlesztése, amelyek onkológiai (terápiás biomarkerek) és genetikai vizsgálatokban (öröklődő betegségek, prenatális diagnosztika) is használhatók. A projekt magában foglalja az NGS adatok feldolgozását, kiértékelését és értelmezését, valamint új algoritmusok tesztelését és validálását.
A téma különösen ajánlott azoknak a hallgatóknak, akik érdeklődnek a bioinformatika, programozás vagy a klinikai kutatás iránt. Témavezető: Prof. Dr. Győrffy Balázs